Добрый день.
Цитата: Директор нашей компании улетел в командировку, не предупредив бухгалтера. Срок командировки составил 2 дня. Суточные заранее выплачены не были.
Увы, это назад уже не вернуть. Предупредите хотя бы на будущее директора, чтобы не забывал сообщать о подобных решениях бухгалтеру, если не хочет платить при проверке лишние штрафы.
Цитата: Как сейчас оформить всё правильно задним числом?
Видимо будет не обойтись без объяснительной записки директора.
Цитата: как быть с приказом на командировку? Его тоже задним числом оформлять теперь?
Если есть возможность зарегистрировать задним числом, не нарушив хронологию, можно и так. Тогда в объяснительной директор укажет, что забыл или не успел передать сведения об этом в бухгалтерию.
Или (если с тех пор уже были зарегистрированы другие приказы) на основании записки придётся издавать приказ текущей датой, распространяя его действие на период с начала командировки или даже ещё ранее (например, с даты покупки билетов в командировку).