Добрый день,
Цитата: Восстановили НДС, приняли его в расходы на прибыль и когда посчитали налог на прибыль, то выходит что он к возмещению.
Не бывает налога на прибыль к возмещению, бывает убыток.
Цитата: Но мы не хотим его возмещать, дольше проверку проходить будем.
Да, никто вам ничего и не возместит, убыток по налогу на прибыль НИ не возмещает.
Цитата: Можно ли не всю сумму восстановленного НДС принять в расходы по налогу на прибыль или вообще его не принимать в расходы по налогу на прибыль?
Цитата: Суммы налога, подлежащие восстановлениюв соответствии с настоящим подпунктом, не включаются в стоимость указанных товаров (работ, услуг), в том числе основных средств и нематериальных активов, имущественных прав, аучитываются в составе прочих расходов в соответствии со статьей 264 настоящего Кодекса.
Расходы - это право налогоплательщика, можете не отражать, думаю, что налоговая не обидется.